1、医药化工废水成分复杂，且富含高浓度氨氮、硫酸盐、SS以及难生物降解和有毒有害的有机物的特性，因此可先通过调节池和混凝气浮机对废水进行调节并气浮絮凝沉淀处理以去除废水中SS及部分氨氮、COD，以确保后续系统反应稳定运行。
2、膜分离法是个物理过程，有过滤和浓缩作用，能处理高浓度、生化性差或传统方法难以处理的制药废水。（4）电解法 电解法是通过借助外加电流的作用，产生一系列化学反应，使废水中的有害杂质以转化的形式而被去除。它是通过两极产生的新生态的氧和新生态的氢，使废水中污染物得到净化。
3、有机物处理：医药化工废水中含有大量的有机物，可以通过生物法、化学法等方法进行处理，如生物反应器、氧化反应器等设备，将有机物降解为无害物质。酸碱中和：医药化工废水中的酸碱度往往较高，可以通过酸碱中和的方式将其调节到中性或接近中性，然后进行后续处理。
4、化学方法是利用化学反应的作用以去除水中的有机物、无机物杂质。主要有化学混凝法、化学氧化法、电化学氧化法等。物理处理法 化工污水常用的物理法包括过滤法、重力沉淀法和气浮法等。光催化氧化技术 光催化氧化技术利用光激发氧化将OH2O2等氧化剂与光辐射相结合。
吸附法 该方法是指在不改变污水理化性质的前提下清除污染物，其原理是污染物附着在吸附剂上，由于重力作用致使其下沉形成沉淀。此法中常用的吸附剂为活性炭、天然矿物材料、高炉滤渣等。由于活性炭颗粒比较小，接触面积较大，因此吸附效果较好。
生物处理：利用微生物将有害物质分解成无害物质，通常需要使用生物反应器和其他设备来控制温度、pH 和氧气水平等条件。化学处理：通过加入化学物质，如氧化剂、还原剂、絮凝剂、沉淀剂，将有害物质转化为无害物质。物理处理：通过物理过程，如蒸馏、膜分离、离子交换等，去除废水中的有害物质。
制药厂废气可以吸附脱附处理。吸附介质常用的有活性炭、活性碳纤维与分子筛，其中活性炭为常用，可以有效的吸附VOCs，并且可以脱附再生，回收的VOCs可回用。用活性炭作吸附剂时吸附脱附的效果较好，但对回收一些低沸点物质时易自燃，需要在安全设计上特别注意，好的方法是采取氮气脱附法进行脱附。
医疗废弃物处理方法如下：分类处理：根据医疗废弃物的性质和危害程度，将其分为不同类别，如感染性废弃物、病理性废弃物、化学性废弃物等。不同类别的废弃物需要采取不同的处理方法；密封存放：医疗废弃物需要存放在专用的密封容器或袋子里，防止泄露和污染。
实验室废弃的一般性化学试剂及废弃的消毒剂等排入下水道。分类分袋收集，专人回收处理，处置方法：能焚烧的采用焚烧处理，医疗废物中病原体的培养基、标本和菌种等高危险废物应进行高压蒸汽灭菌或化学消毒处理，然后按感染性废物收集处理。
在传染病区使用，或者用于传染病患者、疑似传染病患者以及采取隔离措施的其他患者的输液瓶/袋，应当按照感染性医疗废物处理。输液涉及使用细胞毒性药物（如肿瘤化疗药物等）的输液瓶/袋，应当按照药物性医疗废物处理。
膜分离法 膜分离法是个物理过程，有过滤和浓缩作用，能处理高浓度、生化性差或传统方法难以处理的制药废水。（4）电解法 电解法是通过借助外加电流的作用，产生一系列化学反应，使废水中的有害杂质以转化的形式而被去除。它是通过两极产生的新生态的氧和新生态的氢，使废水中污染物得到净化。
技术一：FCM-IV催化自电解+SAO3臭氧催化氧化 对原水采用FCM-IV催化自电解技术进行高效预处理，提高废水可生化性，为后段生化系统创造有利条件。同时大幅度去除废水中的COD，降低生化系统进水负荷，提高处理效率。
物化处理根据制药废水的水质特点，在其处理过程中需要采用物化处理作为生化处理的预处理或后处理工序。目前应用的物化处理方法主要包括混凝、气浮、吸附、氨吹脱、电解、离子交换和膜分离法等。
超声波技术，是通过控制超声波的频率和饱和气体，降解分离有机物质。磁分离法 磁分离法，是通过向化工污水中投加磁种和混凝剂，利用磁种的剩磁，在混凝剂同时作用下，使颗粒相互吸引而聚结长大，加速悬浮物的分离，然后用磁分离器除去有机污染物，国外高梯度磁分离技术已从实验室走向应用。
膜处理技术：包括反渗透、超滤、纳滤等技术，可以对废水进行深度处理，去除其中的微生物、有机物、重金属等污染物，使其达到排放标准。回收利用：对于医药化工废水中含有的有价值物质，如药品、金属等，可以通过回收利用的方式实现资源化利用，减少废物排放和环境污染。
目前应用的物化处理方法主要包括混凝 、反渗透和膜过滤等。直接应用好氧法处理抗生素制药废水仍需考虑废水中残留的抗生素对好氧菌存在的毒性，以减少因此引起的好氧菌受抑制、运行成本高及处理效果不甚理想等问题。